イオとの死闘を制したダリルは、ジオン残党军の一员として地球にいた。彼は夺われたサイコ・ザクの情报を得るための谍报任务に就いていたのだ。一方、新たな仲间と共に「サンダーボルト作戦」に参加したイオの前に、南洋同盟国境守备队队长を名乗るペール中佐が立ち塞がる。海中で、氷原で、密林で繰り広げられる、ジオン、连邦、南洋同盟、三つ巴のモビルスーツ戦。戦争はまだ、终わってはいなかった――。